Tabrakan terjadi saat KA Kutojaya jurusan Bandung-Kutoarjo yang datang dari arah Bandung berhenti di jalur 3 Stasiun Langen, Jumat, pukul 02.23 WIB, untuk menunggu persilangan dengan KA Mutiara Selatan jurusan Surabaya-Bandung yang datang dari arah berlawanan. Akan tetapi, KA Mutiara Selatan yang datang dari arah Surabaya tersebut justru masuk ke jalur tiga sehingga tabrakan pun tidak dapat dihindarkan.
Akibat peristiwa tersebut, tiga penumpang meninggal dunia dan puluhan penumpang lainnya terluka baik ringan maupun sedang. Seluruh korban meninggal dunia dan terluka segera dievakuasi ke Rumah Sakit Umum Daerah Kota Banjar. Meskipun di wilayah Jawa Barat, Stasiun Langen termasuk wilayah kerja PT KAI Daop V Purwokerto, Jawa Tengah.